ด่านศุลกากรช่องสะงำ เป็นหน่วยงานในสังกัดของสำนักงานศุลกากรภาคที่ 2 กรมศุลกากร โดยมีหน้าที่ ความรับผิดชอบ ดังนี้ 

1. ดำเนินการด้านพิธีการนำเข้า-ส่งออก จัดเก็บภาษีอากรและการตรวจปล่อยของทางด่านศุลกากร ให้เป็นไปตามกฎหมายและระเบียบข้อบังคับ
2. ดำเนินการด้านพิธีการนำเข้า-ส่งออก จัดเก็บภาษีอากร และตรวจปล่อยของในนิคมอุตสาหกรรม ที่มีเขตอุตสาหกรรมส่งออกและคลังสินค้าทัณฑ์บนที่อยู่ในพื้นที่ความรับผิดชอบของด่านฯ
3. ทำหน้าที่ป้องกันและปราบปรามการลักลอบหนีศุลกากร ภายในเขตอำนาจของด่านฯ หรือตามที่ได้รับมอบหมายจากสำนักงานศุลกากรภาค หรือกรมศุลกากร
4. จัดการตรวจตราและควบคุมกิจการของด่านตรวจ หรือด่านพรมแดนซึ่งขึ้นต่อด่านฯ
5. ดำเนินการเกี่ยวกับการพิจารณาคืนค่าภาษีอากร
6. เก็บรักษาสินค้าที่นำเข้า-ส่งออก รวมตลอดถึงการเก็บรักษาและจำหน่ายของกลางและของตกค้าง ให้เป็นไปตามระเบียบข้อบังคับ
7. ดำเนินการเกี่ยวกับการจ่ายและเรียกคืนเงินชดเชยค่าภาษีอากร ตามพระราชบัญญัติชดเชยค่าภาษีอากรสินค้าส่งออกที่ผลิตในราชอาณาจักร พ.ศ.2524
8. นำส่งเงินรายได้ทุกประเภทส่งคลังจังหวัด ตามระเบียบข้อบังคับ
9. ทำหน้าที่เบิกจ่ายเงินตามระเบียบว่าด้วยการเบิกจ่ายเงินจากคลังจังหวัด
10. ดำเนินการเกี่ยวกับคดีและจ่ายเงินสินบนรางวัล
11. ร่วมมือประสานงานกับส่วนราชการต่างๆ